一是由于对增值税和所得税审计程序的设计依据的是1996年前的税法和财务会计制度，经过多年的演变，早已时过境迁，该指南在审计增值税和所得税会计方面已失去了应有的针对性、实用性和指导性；

      二是由于规定过于简单，造成包括对增值税和所得税在内的所有税种的审计程序均不规范明确；

      三是使注册会计师对企业纳税问题的审计无规可依；

      四是在执业规范指南中作出的规定属于建议性或指导性的要求，其层次不高、约束力不强，不足以引起注册会计师的重视。

      （4）由于大多数企业在纳税调整的处理基本上无账可寻，有的甚至没有调整的明细记录，使企业提供完整会计资料和记录的审计前提受到严重影响，如果注册会计师接受委托，又不对这方面的影响发表意见，不仅可以理解为注册会计师对企业不履行会计责任的认可，而且可以理解为会计资料不完整不影响注册会计师的审计，对这两个误解审计准则目前还无法圆满解释。

税法规定和执行上的弊端

      我国税法的刚性不足，常有一些需要解释和补充的方面，人们在具体执行中对一些问题的认识也是见仁见智，这取决于执行人的业务水平高低、对问题的理解和宽严程度，这些情况往往造成对一些具体问题的执行结果因人而异，正如税务部门中流传的“10个人查所得税可能是10种结果”一说。由此可见，注册会计师对纳税调整的审计不能被税务机关认可，以及注册会计师有时在审计纳税问题上的无所适从也就不足为奇了。