《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局2012年第57号公告，以下简称57号公告）结合2008年汇总纳税政策执行以来出现的问题，对原汇总纳税政策进行了部分调整。

　　主要变化包括：一是明确了总、分支机构都要进行年度汇算清缴申报，共同参与应补退税款分配。即汇算清缴应补应退税款按照预缴分配比例分配给总分机构，由总分机构分别就地办理税款缴库或退库。改变了原政策年度汇算清缴由总机构通过中央国库统一办理补退税款、分支机构不参与就地分享的做法。

　　二是预缴申报及年度汇算清缴中，计算分配比例的“三因素”基数统一确定为各分支机构上年度的营业收入、职工薪酬、资产总额。分配比例不再以1月～6月或7月～12月上下半年做区分，一个纳税年度中，原则上各分支机构的分摊比例预缴与年度汇算清缴一致。

　　三是明确了总分机构查补税款就地入库问题，突破了就地监管的政策瓶颈。57号公告规定，总机构的查补税款，统一计算查增应纳税所得额和应纳税额后，按总机构50%、各分支机构50%入库；分支机构的查补税款，按总机构50%、被查的分支机构50%入库。

　　四是更加细化、规范了总分机构日常管理及纳税申报需要报送的资料。特别明确了年度汇算清缴申报，总机构及各分机构报送的资料中，不仅包括年度申报表、财务报表、分配表，还需附送各分支机构按附表三《纳税调整项目明细表》项目参与年度汇算清缴的纳税调整情况说明。

　　上述政策调整，对年度汇算清缴最重要的影响在于：总、分支机构年度汇算清缴的申报出现变化。新政策规定，汇总纳税企业年度汇算清缴时，由总机构汇总计算年度应纳所得税额，扣除总、分支机构已预缴税款计算出的应缴应退税款，按照政策规定的税款分摊方法，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。《国家税务总局关于明确跨地区经营企业所得税汇总纳税分支机构年度纳税申报有关事项的公告》（国家税务总局公告2013年第44号）进一步明确，汇总纳税企业的分支机构年度纳税申报，用《企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）》填报，并同时附送《汇总纳税分支机构分配表》。

　　2013年是57号公告发布后的第一个汇算清缴年度，也是汇总纳税总、分支机构第一次按新政策进行汇算清缴申报，需要掌握以下原则：一是总、分支机构年度申报与预缴申报的申报方式一致；二是各分支机构之间分摊税款的分配比例，年度纳税申报与当年度预缴申报一致，即统一为上年度各分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算的分配比例；三是年度汇算清缴总、分支机构分别就地办理税款缴库或退库。